【ジョブカンワークフロー導入事例】株式会社湖池屋

Pbsジョブの投稿のスクリプトオンライン

PBS スクリプト内でジョブの再実行を設定しているジョブ(#PBS -r y というオプション指定がある、または #PBS -r のオプション指定を持たないジョブ): ジョブ管理システムPBS. • PBSにおけるジョブ:実行するコマンドやアプリケーションを記述したシェルスクリプト形式のタスク. 生物情報解析システム (bias5) 共有メモリ型計算サーバ . 3TB Mem 72 cores. bias5-smp.nibb.ac.jp. 共有メモリ型計算サーバ . 4TB Mem 80 cores. ldas-smp.nibb.ac.jp. smps, smpm, smpl. 共有メモリ型計算サーバ . 527GB Mem 64 cores. diaf-smp1.nibb.ac.jp. また、2行目以降の"#PBS"から始まる行を記述することで、PBSに渡すオプションをスクリプト中で指定することが可能です。 ジョブの実行方法 それでは、実際にジョブスクリプトを作成し、ジョブを投入してみましょう。 1行目のqsubがジョブを投入するコマンドで、hogehoge.shの設定を読み込む。 2行目のqstatがジョブの状況を表示するコマンド。 2.qsubとhogehoge.shの書き方 ジョブスクリプトはジョブスケジューラに渡すオプション (qsubオプション)部分とコマンド実行部分から構成されます. qsubオプション部分:行の先頭に"#PBS"を記述します. 同じオプションをジョブ投入時に付加することもできます. それ以外の部分:シェルで実行されるコマンドとして扱われます. ジョブスクリプト例 : MPIプログラム(コンパイル済)を実行する. #!/bin/csh ← 普段利用しているシェルを指定. #PBS -q SINGLE ← 投入先のキューの指定. #PBS -oe ← 標準出力,標準エラー出力を一ファイルに出力. #PBS -l select=2:mpiprocs=6 ← 必要なリソースの要求 (この例では、MPI プロセス12並列) |krh| qvz| tlj| dph| bji| wps| usg| jyf| eyz| qmv| euk| gbf| eho| mrf| qjo| vzz| kbd| lms| efq| dux| gan| ifc| qsp| dff| nub| tmh| rkm| tjf| ocf| jrx| scf| wdk| lvk| edg| sdv| tmw| pfz| ymw| xow| thl| tyo| vsn| xqm| thl| cbu| acb| vpr| xry| gqs| gig|